Introducción: El Enterovirus 68 (EV 68) es un virus asociado con enfermedad respiratoria, aislado en California en el año 1962 a partir de muestras de niños hospitalizados con infección del tracto respiratorio bajo. Objetivos: Determinar la presencia de EV68 en muestras clínicas recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de virus Influenza y otros virus Respiratorios y realizar el análisis filogenético de las secuencias de los virus estudiados. Materiales y Métodos: Se estudiaron. 2569 muestras clínicas, el diagnóstico molecular de los virus respiratorios se realizó empleando la metodología Multiplex RT- PCR_s. El ARN fue extraido utilizando el kit QIAamp Viral RNA Mini Kit  (Qiagen), para la detección del ARN viral se empleó la Mutiplex RT- nested PCR_s Se realizó la secuencia parcial de las región que codifica para las proteínas de la capside VP4/VP2. El análisis de la secuencia se realizó empleando  el software MEGA 5.05, para la construcción del árbol filogenético se utilizó el método de neighbor-joining (del inglés) El grado de similitud se calculó para cada región del genoma empleando el software. MEGA 5.05 Resultados: Se obtuvieron 107 muestras positivas a EV68 por RT-PCR, de ellas 77 muestras de niños entre 0-4 años de edad. Las principales manifestaciones clínicas fueron bronquiolitis, neumonía y bronconeumonia, 4 de las muestras fueron casos fatales. Se encontró una elevada similitud con  EV68 (100%) en 15 muestras analizadas por secuenciación El árbol filogenético de la secuencia parcial confirmó además que el EV68 detectado se localizó en el mismo grupo filogenético de otras de cepas de EV68 reportadas en estudios previos. Conclusión. Se muestrael papel importante de la infección por EV68 en niños con infecciones agudas del tracto respiratorio bajo y sugiere que el EV68 puede ser un posible agente causal de enfermedad severa del tracto respiratorio.